Chợ Thủ Đức nằm trên vùng đất thấp. Hệ thống cống rãnh tại đây đã cũ, chủ yếu là cống tròn và thường xuyên bị đất cát bồi lắng, rác gây tắc nghẽn. Mỗi khi mưa lớn, nhiều con đường như Dương Văn Cam, Đặng Thị Rành, Lê Văn Ninh, Kha Vạn Cân đều ngập sâu từ 20 – 50 cm. Từ năm 2024 đến nay, nhà chức trách đã triển khai nhiều biện pháp giảm ngập như nạo vét cống, rạch đường Lê Văn Ninh, rạch Cầu Ngang, đường Võ Văn Ngân, Dương Văn Cam, Đặng Thị Rành. Về lâu dài, nhằm giải quyết căn cơ ngập úng tại khu vực chợ Thủ Đức, nhà chức trách đề xuất dự án chống ngập trị giá 5.173 tỉ đồng trình cấp trên. Cụ thể, dự án sẽ xây mương Ngọc Thủy, thoát nước cho rạch Nhà Trà, cải tạo rạch Thủ Đức, xây kè và trạm bơm công suất 120.000 m3/h….
Theo ông Nguyễn Quang Chi, Phó trưởng phòng Giao thông công chánh của TP.Thủ Đức, các dự án chống ngập như: cải tạo rạch Cầu Ngang, xây cống mới, nạo vét kênh mương và xây hệ thống cống quy mô lớn đang được đẩy nhanh tiến độ, với kỳ vọng sẽ khắc phục tình trạng ngập từ gốc trong năm 2025.