Ngay sau khi thực hiện tổ chức bộ máy mới, số lượng công chức tại cơ quan thuế các cấp thuộc Cục Thuế đã có đơn xin nghỉ tinh giản theo Nghị định số 178/NĐ-CP là khoảng 4.500 người (trên hơn 10% biên chế của ngành). Trong đó, số lượng công chức xin nghỉ tại địa bàn các tỉnh miền núi như: Cao Bằng, Bắc Kạn, Yên Bái, Lào Cai, Điện Biên, Sơn La, Lai Châu… chiếm tỷ lệ cao (trên 30%).
Do các chi cục thuế khu vực được hợp nhất từ 2 – 4 địa bàn cấp tỉnh trở lên, nên việc luân chuyển, điều động và chuyển đổi vị trí công tác nhân sự tại các địa bàn và bộ phận “một cửa” gặp rất nhiều khó khăn. Nếu điều động chuyển đổi vị trí công tác sang địa bàn khác xa hơn sẽ ảnh hưởng đến việc đi lại, hoàn cảnh cá nhân và điều kiện sinh hoạt của công chức. Có người sống cách nơi làm việc đến 100 km, việc đi lại khó khăn và mất nhiều thời gian nên xin nghỉ.
